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これは分子動力学のセルを簡単に作成するため NanoEngineer 1, PACKMOL と MSI2LMP を統合するために作成されたソフトウェアの変更のコレクションです。NanoEngineer 1 は、Nanorex によって書かれたの分子の CAD ソフトウェアは、ユーザーは分子、原子力の複数のフィールドを使用して入力するユーザーのソフトウェアの変更を許可するを作成する簡単な方法を提供します。PACKMOL は、NanoEngineer 1 の初期の MD セルをこうして提供から分子テンプレートを用いた分子のランダムなコレクションを生成できます。PACKMOL への変更を MSI2LMP ソフトウェアを介して渡される原子型のデータを許可します。MSI2LMP ベース LAMMPS の入力ファイルを作成しますクラス ii 力フィールド。MSI2LMP NanoEngineer 1 で生成された数値符号化の力フィールドのデータの使用に変更されました。MMP ファイル形式は拡張し、すべての 3 つのソフトウェア アプリケーションに統合されました。

これは、夏の研究室のプロジェクトの一部として帝国大学で取り組んでいるプロジェクトです。うまくいけば、その後も拡張されます。

分子グラフィックス、最適化、分子動力学、量子化学。分子モデルの構築。明示的および暗黙的な水のモデル。 http://www.biomolecular-modeling.com/Products.html

すべての構造の自由度のほか、頻繁にまた薬物のような分子と自然の製品互変異性体相互変換を受けること。互変異性の実験的研究の巨大な努力と比較して、オープンで自由をアルゴリズムで解決 prototropic 互変異性世代驚くほど稀であります。いくつかの自由に利用可能なソフトウェア パッケージ、出力可能な形態的な空間のサブセットにも不要な事前仮定とリング チェーン互変異性の完全な下で制限します。MolTPC 調節可能な完全に自動化のアプローチこの問題について説明します。

OFR メソッド電位の平均力 (PMF) (Phys. Rev. E, 2011, 83:021114) とローカルの拡散係数を決定するための操縦された分子動力学法 D(z) (Phys. Rev. E, 2012, 86:036707) の一種です。OFR AT OFR メソッドから大出力データ ファイルを分析するための迅速かつ便利なプログラムであり、情報が迅速かつ容易に PMF と D(z) スプレッドシートで計算する必要を返します。ソフトウェアの詳細については、次の資料に記載されている: J. 作曲 Phys.、231(11): 4355 4364。

このソフトウェアは、小規模の潜在的なエネルギー表面 m サイズ アトミック システム量子非経験的技術を用いたグローバル最適解の検索します。それは Linux クラスター上で MPI 債券回転と分子の平行移動および回転を実行します。

完全非対称単純排他過程の可視化。

xPyder ソフトフェアのうちプラグイン分析し、3次元構造の動的相関行列 (DCCM)、線形相互情報 (LMI) 通信性向 (CP)、内 molecular と間対話 (例えば PSN） や、高度にカスタマイズ可能な出版物の品質の画像を生成するを視覚化することです。xPyder (ハブと最短パス検索などのグラフ理論の概念を使用して) ネットワークを識別する、行列を比較し、関連する情報が、解析力学と機械的性質分子レベルの間のギャップを埋めるに貢献、構造と力学的情報の活用、モジュール、ユーザー拡張プラグイン システムを使用してデータをフィルタ リングして焦点を当てています。

秩序と無秩序なタンパク質と他の高分子のポリマー特性をモデル化するためのユニークかつ効率的なツールを提供する新たな分子モデリングパッケージ、。ニガヨモギ力場と暗黙の溶剤モデルが含まれています。

ほぼすべての自由に利用できる科学ソフトウェア適切なグラフィカル ユーザー インターフェイスの欠乏に苦しみます。NAMD 大規模分子システムの並列分子動力学コードです。ただし、共通の NAMD シミュレーション ジョブを設定、使いやすいインタ フェース VMD のプラグイン NAMD グラフィカル インターフェイスを提供、結果を分析して、テキストの出力をより便利なのグラフィック表現に変換の場合、我々 は完全な解決策はありません。Web の閲覧いくつかログ ファイル パーサーから離れてないこと適切な GUI ベース分析ツールを明らかにします。NAMDView のメイン ターゲットは、GUI ベースの分析を提供しているし、NAMD のための可視化ツール出力ファイル、ログ ファイルなど自由エネルギー計算出力ファイルなど。

確率論的 Pi マイクロソフトによって作成されたマシン （スピム） 生物学的過程をモデル化するためのプログラミング言語です。2 つのツールは、シミュレーションをマイクロソフトから入手可能です。Web アプリケーション Visual スピムとバーチャル アプリケーション スピム プレーヤー。両方のシミュレーション ツールは、Windows プラットフォーム上で実行する必要があります。幸いにも Microsoft も Linux 用コマンドライン版をリリースしました、しかし、シミュレーション結果の CSV ファイル出力されますこのバージョンのみ OCAML で Mac OS をベースします。提供 SPiM2Eclipse 橋スピムをシミュレーションを 1 クリックで完了することができますコマンドラインから実行する、埋め込みのプロットの結果を表示します。機能:-、Eclipse のプラグインとしてすべての Eclipse を使用する強力な機能があります。-構文の色分け - 1 つを強調-スピムを参照してください詳細については、公式プロジェクトのウェブサイトでプロットのシミュレーション] をクリックします: http://research.microsoft.com/en-us/projects/spim/

これはbionicallyプロジェクトです。

オープンソースソフトウェアはMMFF94原子タイプ、債券の種類と料金の自動割り当てティンカーXYZのファイル（およびその逆）にSDFファイルを変換する

スコアリング機能開発と高パフォーマンスのエネルギー最小化サポートを強化するカスタマイズされた AutoDock ヴィーナのフォーク。smina は、ピッツバーグ大学の David Koes によって維持されているし、直接 AutoDock プロジェクトとは関連がありません。

TrajLab は、次の 2 つのサブプロジェクトと来て 2 つの MATLAB プログラム パッケージのセットです： (1) MolSim: 古典分子動力学シミュレーション (2) 準安定: 準安定性/立体配座解析テクニックのクラスタ リングによる TrajLab おそらく一般的な目的の分子シミュレーション パッケージ MATLAB の最初の試みです。著者は同じ目的のための他の多くの専門性の高い、高度に最適化されたプログラム パッケージが存在することを認識しているが (e. g. 琥珀、GROMACS、NAMD、等）、MATLAB の環境を提供しています簡単にアクセスするコードを操作する、アルゴリズムを開発、テスト、および数値実験のすべての種類を実行します。研究と教育に使用するには ！2010 年初頭に開始、TrajLab まだ (アルファ) の初期段階、ありそれ以上の開発の任意の助けは高く高く評価されます。

QoMMMa マイクロプレートにハイブリッド量子力学/分子力学 (QM/MM） 計算可能なインターフェイスです。

RDock、もともと Vernalis でヌクレオチドをドッキングは、開発は、小分子タンパク質のドッキングの一般に適用されます。ソフトウェアは、今日利用できる最先端のバインド モード予測パフォーマンスと濃縮仮想スクリーニング キャンペーン中の仮想のスクリーニングのための最速ドッキング アルゴリズム中です。

Ligmap 分子ドッキングからポーズのシリーズを取るし、サイト ・ エピトープ構造のマッピング手法可能性が高いリガンド結合モードを選択するには、ポーズに適用されます。